Глава II.6.
Расчеты в
HyperChem
Setup (Меню установки)
Меню Setup задает метод расчета. Это может быть: молекулярная механика, полуэмпирические квантово-химические методы (10 вариантов, от расширенного метода Хюккеля до метода РМ3) и неэмпирический метод Хартри-Фока (ab initio) в различных базисах.
Меню Setup содержит опции для проведения молекулярно-механических и квантово-химических расчетов энергетических, геометрических и электронных параметров молекулярных систем. После того, как Вы выбрали нужную опцию в меню Setup, используйте меню Compute, для проведения расчетов необходимых характеристик.
Программа HyperChem может выполнять расчеты энергии систем и их равновесной геометрии методом молекулярной механики с использованием четырех модельных потенциалов (MM+, AMBER, BIO+ и OPLS), девятью полуэмпирическими квантово-химическими методами (Расширенный метод Хюккеля, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/1 и ZINDO/S), или неэмпирическим (ab initio) методом квантовой химии в различных базисах.
Меню Setup имеет следующие пункты:
|
Molecular
mechanics (Молекулярная механика) |
Выберите опцию Molecular mechanics
(Молекулярная Механика), чтобы использовать ньютоновский (а не
квантово-химический) метод расчетов молекулярных потенциалов |
|
Semi-empirical (Полуэмпирический) |
Выбор полуэмпирического метода (Semi-empirical)
позволит использовать один из квантово-химических методов расчета параметров
молекулярных систем вместо молекулярной механики или ab initio |
|
Ab
Initio |
Выбор Ab Initio (неэмпирический метод
Хартри-Фока) позволит использовать этот метод квантовой химии вместо
молекулярной механики или одного из полуэмпирических методов. |
|
Periodic
box (Периодический
ящик) |
Периодический ящик (Periodic Box) Выбор
этого пункта позволит поместить молекулярную систему в периодический ящик,
содержащий молекулы воды |
|
Restraints (Ограничения) |
Ограничения (Restraints)Выбор этого пункта
позволяет добавлять граничные условия (действующие силы) для 1, 2, 3 и 4
выделенных типов атомов для молекулярной механики и квантовой химии. Этот пункт
меню остается неактивным в случае, если такого выделения сделано не было. |
|
Set
velocity (Присвоение
скорости) |
Присвоение скорости (Set Velocity). Выбор
этого пункта позволяет устанавливать скорости атомам, входящим в систему.
Этот пункт используется в некоторых видах молекулярно-динамических расчетов. |
|
Вычисления с использованием сети (Network) |
Выбор этого пункта (Network) позволяет
проводить расчеты с использованием удаленного сервера для
молекулярно-механических, полуэмпирических и неэмпирических расчетов |
|
Select paprameter set (Выбор набора параметров) |
Выбор этого пункта позволяет устанавливать
альтернативный набор параметров для молекулярной механики |
|
Compile
parameter file (Компиляция файла параметров) |
Выбор этого пункта позволяет преобразовать
новый файл параметров из текстового вида или файла базы данных в двоичный
код, используемый программой HyperChem |
|
Reaction map (Карта реакции) |
Выбор этого пункта позволяет строить карту
реакции, т.е. путь от реагентов к продуктам реакции и синхронного поиска
переходного состояния. Этот пункт остается неактивным до тех пор, пока не
сделан выбор реагентов и продуктов реакции |